Alytaus kolegijos studentų atstovybės veiklą koordinuoja:
Valdyba
Prezidentas
Konferencija
Viceprezidentas
Revizijos komisija
Konferencija – aukščiausias AK SA organas, kurį sudaro tikrųjų narių (AK SA nariai arba seniūnai) deleguoti atstovai, turintys visas visuotinio nario susirinkimo teises. Konferencija šaukiama ne rečiau, kaip 1 kartą per metus. Eilinius posėdžius šaukia prezidentas ne vėliau kaip prieš 30 kalendorinių dienų ir pateikia susirinkimo darbotvarkę ne vėliau kaip prieš 14 dienų iki konferencijos. Jeigu praėjus vieniems metams nuo paskutinės konferencijos prezidentas jos nešaukia, ją šaukia valdyba. Konferencija vienų metų kadencijai renka prezidentą, valdybos ir revizijos komisijos narius bei tvirtina ataskaitas ir reglamentą su įstatais.
Prezidentas – vienasmenis AK SA valdymo organas, atsakingas už organizacijos veiklą ir koordinuojantis jos padalinius, atstovaujantis AK SA Alytaus kolegijoje ir už jos ribų. Prezidentas negali eiti pareigų ilgiau, kaip dvi kadencijas iš eilės. Prezidentu negali būti revizijos komisijos narys.
Viceprezidentas – vienasmenis, AK SA patariamasis, struktūrinis organas, kuris pataria ir padeda prezidentui organizuoti AK SA darbą ir jį pavaduoja, jei šis laikinai negali vykdyti savo funkcijų arba jam įgaliojimus suteikia valdyba. Viceprezidentas tvirtinimui teikiamas valdybai ir atstatydinamas prezidento įsakymu. Viceprezidentas negali būti revizijos komisijos ar valdybos nariu.
Valdyba – kolegialus AK SA valdymo organas tarp konferencijos posėdžių, kuris vadovaujasi LR teisės aktais, AK SA įstatais ir konferencijos sprendimais. Valdybą sudaro 7 nariai (skaičius gali būti keičiamas konferencijos sprendimu) prezidentas ir konferencijoje išrinkti 6 tikrieji AK SA nariai. Pirmąjį valdybos posėdį šaukia prezidentas. Valdybos posėdžiams pirmininkauja, pirmame posėdyje, išrinktas valdybos pirmininkas. Valdyba tvirtina biudžetą, veiklos planus, reglamentą, įstatus ir delegatus į tarybas ar komisijas, pagal kompetencijas priima sprendimus susijusius su AK SA.
Revizijos komisija – AK SA veiklos teisėtumą bei tikslingumą kontroliuojantis organas, kuris atlieka patikrinimus ir teikia išvadas ar rekomendacijas bei atsiskaito konferencijai. Revizijos komisiją sudaro 3 nariai (skaičius gali būti didinamas konferencijos sprendimu), išrinkti konferencijos metu balsų dauguma vienų metų kadencijai. Revizijos komisijos pirmininkas renkamas ir skelbiamas konferencijos metu. Revizijos komisijos nariu gali būti tikrasis narys, kuris nepriklauso kitiems AK SA organams ir nėra Alumni narys.